Wenn der CTek sich weigert, dann tut sich natürlich nichts.
Dann muss man halt dafür sorgen, dass das Bordnetz diese Minimalspannung auf anderem Wege wieder erreicht. Ich unterstelle mal, dass die Batterie aktuell weniger als 8 Volt hat.
Grundsätzlich könnte man jetzt mit Starthilfe von außen den Motor anwerfen und eine Zeitlang laufen lassen, damit die Batterie mindestens so viel Ladung erhält, dass CTek wieder arbeitet. Davon rate ich aber ab, weil - wie oben schon andere geschrieben haben - das u. U. unangenehme Begleiterscheinungen haben kann wie defektes Steuergerät oder defekete Instrumentenkombination.
Ich würde in Deinem Fall mit einem anderen Ladegerät (kann so ein ganz billiges sein) ein wenig laden. Also begrenzt auf z. B. fünf Stunden. Dann versuchen, ob CTek wieder mitspielt. Wenn nicht, dann Standardgerät noch einmal 3 Stunden. Mir käme es darauf an, dass die Batterie mit dem Standardgerät nicht wirklich voll geladen wird, weil ich "da oben" die Verhältnisse präziser gesteuert haben möchte, als ein Standardgerät das tut. Daher mit dem Standardgerät nur so weit, dass CTek wieder einsteigt. Den Rest macht CTek dann. Das kann zwar ein wenig länger dauern, weil dessen Ladestrom ja nicht der allergrößte ist, aber das macht nichts. Lass ihn arbeiten!
Zu Deiner letzten Frage: Praktisch alle Funktionen des Z4 werden über irgendwelche Steuergeräte gesteuert. Und die haben alle irgendeine Spannungsgrenze, bei deren Unterschreiten sie dann ihren Dienst einstellen. Die Grenze ist je nach Gerät unterschiedlich. Wenn die Batterie also vor zwei Tagen eine Spannung hatte, die gerade noch oberhalb der "Mäusekinogrenze" lag, dann kann sie zwei Tage später gerade darunter angekommen sein. So wie früher: heute leuchtet das Lämpchen, morgen glimmt es immerhin noch, ist das nicht mehr im Zeitalter der Steuergeräte.
Also innerhalb von zwei Tagen kann je nach Vorgeschichte die Grenzspannung für irgendein Steuergerät gerade unterschritten worden sein. Das allein ist sicher noch kein Grund für eine neue Batterie. Nach meiner Kenntnis sind die Fälle von vorzeitig defekten Batterien eher selten. Häufiger ist dagegen die Ursache, dass die Verbraucher (oder einige davon) sich beim Abschließen des Fahrzeugs nicht vorschriftsmäßig in den stromsparenden Schlafmodus begeben. Und das zieht über kurz oder lang die beste Batterie leer.