Mukoviszidose

[crake]

Hallo Ihr Lieben,

aufgrund der Verlagerung meines beruflichen Forschungsschwerpunktes hier in Tübingen, würde ich gerne einen Mukoviszidose-Thread eröffnen.
Ich habe mir lange überlegt, ob das hier überhaupt jemanden interessiert - aber das Forum ist mir schon ein bisschen ans Herz gewachsen, und wir füllen es ja alle mit ganz unterschiedlichen Dingen - und gerade das macht es so familiär. Auch wenn das jetzt sehr speziell ist, kann es sicher nicht schaden, dass es einen solchen Thread gibt.

Falls es also Berührungspunkte gibt oder sonstige Fragen oder Anregungen jeglicher Art, dann einfach hier reinschreiben.

Beste Grüße,
Michael

 

[david2004]

AW: Mukoviszidose

Hallo Michael,

ich entwickele Software im molekulargenetischen Diagnostik Bereich, und ein Teil meiner Kunden sequenziert und analysiert natuerlich das CFTR Gen. Im welchen Bereich bist du denn taetig?

Gruesse aus der verschneiten Schweiz,

David

 

[fantomasio]

AW: Mukoviszidose

Mukoviszidose oder überhaupt schädigende, zersetzende Krankheiten im Atmungsorgan sind "sowas von fies", weil ständig diese Erstickungsanfälle zur Panik - auch bei den Angehörigen - führen. Und man steht daneben, ist so macht- als auch hilflos.

 

[crake]

AW: Mukoviszidose

Hallo Michael,

ich entwickele Software im molekulargenetischen Diagnostik Bereich, und ein Teil meiner Kunden sequenziert und analysiert natuerlich das CFTR Gen. Im welchen Bereich bist du denn taetig?

Gruesse aus der verschneiten Schweiz,

David

Hallo David,

spannend - d.h. Du entwickelst Software für die entsprechenden Geräte (z.B. Sequencer, MALDI-TOF MS etc.) oder eher für die Auswertung der Daten? Arbeitest Du auch mit next generation sequencing?
Ich bin u.a. in zwei Bereichen von CF tätig: a) neue genetische "modifier" der Erkrankung charakterisieren und b) eine Gentherapie für CF zu entwickeln. Wobei die Gentherapie definitiv mein Schwerpunkt ist. Der in meinen Augen vielversprechendste Ansatz momentan ist die Korrektur der Stammzellen in der Lunge von Patienten (z.B. mit Hilfe von Zink-Finger Nukleasen). Dafür muss ich hier aber erst ein passendes Tiermodell etablieren - CF Mäuse sind für die Lungenerkrankung nur bedingt geeignet. Neu sind CFTR knock-out Schweine und Frettchen. Schwein ist sehr aufwändig, so dass ich versuchen werde die knock-out Frettchen zu etablieren.

viele Grüße aus dem verschneiten Tübingen,
Michael

 

[david2004]

AW: Mukoviszidose

Hallo Michael,

ich arbeite vorallem mit Sequencern, auch NGS. Die Signalverarbeitung ueberlasse ich den Herstellern, die wie du warscheinlich gemerkt hast, bei NGS alle Paar Monate neu auf den Markt kommen .
Gluecklicherweise gibt's jetzt einige Standard Datenformate (BAM/SAM...): ich arbeite in Richtung Datenauswertung fuer Diagnostik, also re-sequencing, mich interessiert es wie man die Daten so darstellen kann, dass ein Biologe/Mediziner einen Befund fuer einen Patienten innerhalb 'normaler' Zeit erstellen kann. Das heisst auch anbinden an privaten und oeffentlichen Datenbank und Vorhersage Tools welche helfen Mutationen zu interpretieren.

Wenn ich dich richtig verstanden habe, suchst du unter anderem nach neuen Genen welche einen Einfluss auf die Krankheit haben. Bei der Korrektur der Stammzellen, werden dann Teile des CFTR modifiziert? Bin nur Physiker, nicht Biologe, das Bisschen Biologie lerne neben her, wenn ich bei Kunden bin und versuche zu verstehen wie ich sie Software-maessig unterstuetzen kann.


Viele Gruesse aus dem auch verschneiten Waadt,

David

 

[crake]

AW: Mukoviszidose

Hi David,

lustig ist ja diesbezüglich, dass nur Mediziner eine genetische Beratung durchführen dürfen - Biologen arbeiten dazu dann eher im Hintergrund . Trotzdem wussten vor 3 Jahren auf einem Pädiatrie-Kongress die wenigsten Mediziner was ein "SNP" ist .
Wird denn in der Routine-Diagnostik viel sequenziert? Oder eher bei Spezialfällen?

Wenn wir in Zukunft irgendwann ins NGS einsteigen, kannst Du vielleicht behilflich sein :). Im Moment würden uns die Daten wohl erschlagen - bei CF wird eher über Kandidatengene und Microarray nach neuen modifiern gesucht. Aber auch Microarrays sollen ja mit NGS besser und informationsreicher als z.B. mit Illumina Chip sein! Hast Du da Erfahrung? (wir haben im Moment DNA und teilweise mRNA von ca. 400 CF Patienten).

Genau, die Idee ist, dass man gezielt das CFTR Gen in Stammzellen der Lunge manipuliert. Dafür kann man Proteine designen, welche genau an einer bestimmten Stelle im Gen binden und dort einen Doppelstrangbruch erzeugen. An dieser Stelle kann dann ein Reparatur-Template eingebaut (homologe Rekombination), das z.B. die häufigste Mutation del508 korrigiert. Die korrigierten Stammzellen würden dann die Lunge neu auskleiden (nach ca. 100 Tagen), und die Lunge wäre geheilt.
Klingt alles sehr vielversprechend, aber das PRoblem ist die Transfektion der Lunge. Lunge ist schwer, das ist ein hartes Stück Arbeit.

viele Grüße,
Michael

 

[david2004]

AW: Mukoviszidose

Hallo Michael,

stimmt schon, Genetik ist noch bei vielen Medizinern eher ein verstaubter Ordner als aktuelles Wissen. Ich bin nur Austeller auf genetischen Kongressen (ESHG, GfH,...), ich sehe also eher die kleine Minderheit als die grosse Merheit der Aertzte. Bei den Labors ist es genauso, ich kenne eigentlich nur welche die sequenzieren.
In den meissten Faelle handelt es sich um Labors in Unikliniken oder daran angeschlossen. Bei Krebs wird glaube ich ein relativ grosser Anteil sequenziert (entweder die Krebszellen um die Heilmethode anzupassen, oder die 'normale' DNA um Risiken voraus zu sagen). Bei CFTR eher die Faelle wo einfach Tests (c.1521-1523delCTT und andere haeufige Mutationen) negativ sind und man dann alles durchsuchen muss. Wir sind noch sehr weit vom 'whole exome' bei Schnupfen und Heiserkeit

Ich arbeite gerade in einem FP7 Projekt: die eine Haelfte des Projekts such nach neuen Genen mittels NGS und Nimblegen aCGH die fuer neuromuskulare Krankheiten verantwortlich sind, die andere Haelfte testet/'validiert' NGS und aCGH fuer Diagnostik in diesem Bereich. (Link schicke ich dir per PN)

Transfektion ist bestimmt nicht einfach, und je nachdem wie man es macht kann das Risiko verdammt hoch sein (vor nicht allzu langer Zeit sind glaube ich ein Paar Kinder gestorben in Paris weil die Transfektion mit Viren war und irgendwas schief gelaufen ist, weiss aber nicht mehr genau was)

Viele Gruesse,

David