Ich habe am Z4 noch nie eine Tür justiert oder justieren müssen, aber an meinen Oldies. Die Vorgehensweise ist aber an sich so, dass man die Scharniere einstellt, bis die Tür korrekt sitzt, ggf. sogar mit temporär gelöster Schlossfalle. Diese ist nämlich nicht dazu da, die Tür in Position zu ziehen. Erst wenn die Tür ohne Einschnappen richtig sitzt, wird die Schlossfalle in dieser Position fixiert. Dann öffnen und schließen Türen "cremig". Wenn die Tür z.B. hinten runterfällt beim Öffnen, ist da was faul, sie wird dann erst/nur beim Schließen hochgezogen.
Das Bild von oben, dass nur oben an der Fensterunterkante ein korrekter Übergang ist, und die Tür unten "klafft", lässt sich über die Schlossfalle eh nicht verbessern. Wenn die Tür nur mit Gewalt beigezogen wird, stimmt es am Ende weder oben noch unten, es sei denn ...
... manchmal ist die Ursache trivial: eine "O"- oder "L"-Dichtung, die falsch sitzt (oder ein falsches Reproteil ist bei den Oldies ...) und die Tür wegdrückt, weil sie sich nicht genug komprimieren/wegdrücken lässt. Da kann man dann nichts justieren, wenn die Dichtung zum Vollgummiblock mutiert.
Wenn "nichttrivial", so wird zur Korrektur des Bildes oben das obere Scharnier nach außen genommen, ggf. und/oder das untere nach innen, das dreht die untere Hinterkante der Tür nach innen. Dabei ändert aber die Scheibenoberkante (!!!) die Lage, was man separat einstellen kann (Scheibenneigung).
Dass sich eine Profiwerkstatt da nicht "drantraut" ist mehr als ein Armutszeugnis. Ein Karosseriebau-/Unfallinstandsetzungsunternehmen ist hier der kompetentere Ansprechpartner als BMW (denn die outsourcen Karrosseriearbeiten sehr oft, und haben daher kein eigenes Know-How).
Soweit die prinzipielle Vorgehensweise, wie man das en Detail beim Zetti macht, weiß ich - wie eingangs gesagt - nicht. Wenn man obige Zeichnung berücksichtigt, müsste also die Türverkleidung ab, damit man an die vier Verschraubungen (1) der Scharniere drankommt. Dann justieren, im "schlimmen Fall" bei (2) etwas unterlegen, um den Justierbereich zu erweitern. Bei meiner Corvette musste ich seinerzeit bei einem der Scharniere -1,5mm unterlegen (= Scharnier abfräsen

).
Zum Schluss die Scheibenneigung nachjustieren. Die wiederum wird typischerweise am Fußpunkt der Führungsschiene(n), oft nur an der längeren Schiene hinten, eingestellt.
Mein Auto hat nur an der vorderen Schürze ein moderates Spaltmaßproblem - wie nahezu alle E89. Daher musste ich beim Zetti da noch nicht dran.