Theoretisch ja, praktisch definitiv nein
Ein kleines bisschen hängt es davon ab, was Du da wie programmiert hast. Wenn Du "nur" die Standard Funktionen in BimmerCode umstellst, wird zu 99% niemand bei BMW irgend einen "Ärger" machen, weil diese ja nur Funktionen zugänglich machen, welche BMW selbst in der Software vorgesehen hat. Somit wird nicht geändert, sondern nur Parameter eingestellt. Beispiel Tippblinken: das steht seitens BMW auf 3x beim Antippen des Blinkers. Das konnte man mit BimmerCode auf 5x umstellen. Mittlerweilen hat BMW meines Wissens (ich fahre ja bewusst beim G29 eine alte Firmware) dies ab einer bestimmten Firmware selbst so umgestellt, dass man sich dies im Fahrzeug selbst einstellen kann.
Niemand bei BMW wird diese Einstellungsparameter überprüfen und daher ist dies auch so gut wie nicht erforderlich, diese zurückzusetzen, nur weil der Wagen in die Werkstatt muss.
Einen einzigen Fall könnte es aber geben: wenn Du Schwierigkeiten mit der Elektronik hast (dürfte aber extrem selten sein) und Du deshalb wegen eines möglichen Garantieanspruches in die Werkstatt fährst, ist es schon sinnvoll, die ursprüngliche Einstellung wieder herzustellen.
BMW zickt viel eher bei Kulanz/Garantie rum, wenn Du z.B. ein Problem mit der Achsenaufhängung/Radlager hättest und Distanzscheiben fährst...